这股腐朽的宦官势力，就是以魏忠贤为首的阉党集团。魏忠贤出身于北直隶河间肃宁（今属河北）的一个农家，“多机变，有小才” 。年轻时吃喝嫖赌，无所不为，不仅将家产变卖净尽，还欠下一屁股债，遂自行阉割，入宫当了一名低级宦官，管理甲字库。他先是依靠西李选侍，西李失势后，又勾结明熹宗的乳母客氏，与之结为“对食”。明熹宗虽是明神宗的长孙，但因其父不得宠，他也受到明神宗的冷落，迟迟不被立为皇太孙，也不让他出阁读书，成了一个文盲。为了消磨时光，他在宫中整天就是爬树、掏鸟窝、养猫、斗鸡、斗蟋蟀、听戏、骑马、射箭，或者做木匠、油漆匠、泥水匠的活，从中寻找乐趣。魏忠贤和客氏就利用明熹宗年幼无知、生性好动的特点，极力诱导他嬉戏玩乐，“劝帝选武阉，炼火器为内操”，“又日引帝为倡优声伎，狗马射猎” ，以讨其欢心。明熹宗继位之后，竟让一字不识的魏忠贤担任司礼监秉笔太监，掌握替皇帝对内阁的票拟批红的大权。东林党人追论三案的责任，敌对诸党惶恐不安，于是纷纷投靠魏忠贤。魏忠贤的势力迅速壮大，开始主动出击。他先诛杀与东林党人关系密切的太监王安，逐步掌控内廷的实权，再将东林党人刘一璟逐出内阁，在内阁安插自己的亲信。天启三年(1623)底，魏忠贤受命提督东厂，进一步掌握镇压异己的生杀大权，权势更加显赫。

东林党人对魏忠贤势力的崛起满怀疑忌，极力进行反击。天启四年(1624)六月，东林党干将、副都御史杨涟上疏揭露魏忠贤的二十四大罪，要求明熹宗将魏忠贤就地正法，把客氏逐出皇宫。群臣纷纷响应，交章论劾魏忠贤不法诸罪。明熹宗懵然不辨忠奸，下旨斥责杨涟，并对上疏弹劾魏忠贤的工部郎中万燝施行杖刑，将他活活打死在殿廷之上。一批东林党人随即被罢斥，失去在朝中的权力优势。阉党集团有恃无恐，公然炮制《东林点将录》等黑名单，罢斥、杀害东林党人，特别是利用手中掌握的厂卫迭兴大狱，捕杀杨涟等六君子和高攀龙等七君子，并编制《三朝要典》，公开为三案翻案。

到天启末年，魏忠贤的权势达到一手遮天的地步。内廷之中，有王体乾等三十余名骨干；外廷有“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”等一批亲信爪牙。自内阁、六部至四方总督、巡抚，遍置死党，并派大批宦官到各个要冲之地充当镇守太监。魏忠贤本人更是威势煊赫，位晋三公，加恩三等，并通过冒功请赏、敲诈勒索、贪污受贿等手段，捞取大量钱财。他的远近亲属及义子干孙，亦位居要津，贪污盗窃，无所不为。举朝的官员，竞相拜魏忠贤为干父，称之为“九千九百岁爷爷”，并纷纷为之建造生祠。杨涟曾在奏疏中悲愤地叹道：“掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下；都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下。” 魏忠贤的专权统治，成为明朝历史上最黑暗的时期。有一疯道人歌曰：“委鬼（魏忠贤）当朝立，茄花（客氏）满地红。” 魏忠贤的黑暗统治，进一步加重了人民的负担和土地的兼并，加以水利连年失修，自然灾害频繁发生，阶级矛盾进一步激化。天启二年(1622)，山东及北直隶等地爆发了徐鸿儒、于弘志领导的白莲教起义，畿辅震动。天启七年(1627)二月，陕西澄城县又发生农民起义，拉开了明末农民战争的序幕。辽东地区的民族矛盾，也在日益激化。努尔哈赤在统一女真和对明朝的战争中建立的后金八旗国家，是以对异族人民的掠夺和奴役为基础的。以努尔哈赤为首的女真贵族，通过战争占领大片土地，俘获大批战俘，掠夺大量人口，将土地、俘虏和人口赏给八旗旗主，建立奴隶主庄园；进入辽沈地区后，更是强制推行奴隶制的生产方式和民族征服与民族压迫政策，将当地汉人的土地、住宅和财产全部剥夺，将土地分给八旗官兵或编入八旗庄屯，把绝大多数汉人编入旗下，充作奴隶，为八旗官兵耕作，并强迫他们改从满人的习俗，剃发易服，变为满人。这样，就将对明朝的战争变成一场侵略的战争。民族矛盾因而迅速激化，成为辽东地区的主要矛盾。因此，面对后金咄咄逼人的攻势，辽东守军无不顽强地加以阻击。天启四年(1624)，当辽东经略孙承宗拟入京营救遭受阉党迫害的东林党人而受阻，被迫辞职返乡后，继任辽东经略的高第，在阉党、权宦的支持之下，一反孙承宗的守关外以屏关内和以辽人守辽土的政策，下令撤退关外守备，驱兵入山海关。袁崇焕抗命不从，坚守宁远孤城。天启六年(1626)正月，努尔哈赤率兵西攻宁远。袁崇焕等守将坚守不动，后用西洋火炮击退后金兵，取得“宁远大捷”。努尔哈赤被迫退兵，不久染病而亡。继位的天聪汗皇太极，于翌年（天启七年，天聪元年，1627）二月派兵攻打同明朝合作的朝鲜，与之签订“江都和约”，约为“兄弟之国”，解除了后顾之忧。接着，便在当年五月再攻宁远，又被袁崇焕击退，再转攻锦州，仍未得手，史称“宁锦大捷”。袁崇焕为这两次大捷立下赫赫战功，但因未及时为魏忠贤建造生祠而遭其忌恨。宁锦大捷，“文武增秩赐荫者数百人，忠贤孙亦封伯” ，袁崇焕却遭到无端的猜忌与弹劾，被迫引病辞职。

就在辽东战事日趋危急之时，天启六年九月，四川永宁宣抚使奢崇明发动叛乱，翌年二月贵州水西宣慰使安位之叔安邦彦挟安位起兵应之。明廷出动湖广、四川、贵州、云南、广西的军队进剿，但终天启朝一直未能将其平定。

魏忠贤的专权乱政，自然不可避免地影响到朱由检的生活。抚育朱由检的东李选侍，虽在天启元年(1621)二月晋封庄妃，但因她持正不阿，引起魏忠贤和客氏的忌恨，他们多次裁减她的待遇和礼数，她的日子过得很不如意，后竟郁愤而死。庄妃的死，不仅给朱由检精神上造成沉重的打击，同时也使他对魏忠贤和客氏产生了警惕。

明熹宗凡事昏庸，却极重兄弟之间的亲情。天启二年(1622)九月，明熹宗下旨册封刚12岁的朱由检为信王，朱由检的各种待遇大为改善。同朱由检关系最为亲近的庄妃死后，他更加思念自己的生母刘氏。刘氏原是海州（今辽宁海城）人，后落籍宛平（今属北京）。初入宫为淑女，万历三十八年(1610)十二月生下朱由检，后“失光宗意，被谴”，死后“光宗中悔，恐神宗知之，戒掖庭勿言”，偷偷派人将她葬于西山申懿王坟的旁边 。朱由检12岁，明熹宗在册封他为信王时，追封刘氏为贤妃。朱由检向小太监打听到她的葬身之处后，常偷偷交给小太监一些银两，让他代替自己前往西山祭祀。为了防范魏、客的加害，朱由检常在书案前静坐读书，尽量少与外界接触。为了迷惑魏、客的耳目，有时还故意不修边幅，“衣冠不整，不见内侍，坐不倚侧，目不旁视，不疾言，不苟笑” ，装出与世无争的样子。偶尔带着小太监到宫外看看，但无论见到什么景象，听到什么议论，回宫后都守口如瓶，绝不言讲。魏忠贤为了试探朱由检对自己的态度，曾暗中派人到他的住地侦伺，有时还故意对他说些有关魏忠贤的坏话，他立即严词加以训斥，说：魏公公有辅佐君主的才能，很得皇上的看重与信任；我是个亲王，不久就将就藩封国，还得借助于他；你可别来多事，让魏公公知道了，有你的好果子吃。当时各地进献宫廷的珍异之物“半致忠贤”，魏忠贤有时将一些“非时花木果蔬之类”派小太监送给朱由检，他“受之”，并“厚犒其使”，“若相得甚欢者” 。

转眼到了天启六年(1626)，朱由检已是虚龄16，魏忠贤为了让他尽快地离开京城就藩封国，以免妨碍自己的专权，便劝明熹宗为之完婚。礼部从五城两县选出77名民间淑女。一个月后，由明熹宗的张皇后主持，从中择定大兴县生员周奎15岁的女儿周氏。经钦天监选择吉日，婚期定在翌年的二月初三日。考虑到他婚后的开支比婚前的独身生活要大，天启七年(1627)正月明熹宗下令拨给信王岁米3000石、钞1万贯。接着，又将景王府的地租银赐给了他。朱由检考虑到国家财政困难，上疏请辞，明熹宗于是又命以汝、福两王遗留的地租转赐给他。天启七年二月初三日，朱由检与周氏正式完婚。三月，皇叔瑞、惠、桂三王就藩封国，留下三座王府的空宅。四月，明熹宗下令将惠王府重加修缮，让朱由检携周妃从勖勤宫搬到那里居住。朱由检和周氏在那里度过短暂的新婚生活，暂时放下了对生母和庄妃的思念。