明思宗将杨鹤革职后，任命延绥巡抚洪承畴为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督陕西三边军务。洪承畴，福建泉州府南安人。天启七年(1627)任陕西督粮道参议，崇祯三年(1630)升任延绥巡抚。他是个主剿派，在延绥巡抚任上，曾与延绥总兵杜文焕密谋策划，杀害已经受抚的王左挂、苗登云等98人。第二年，又指挥延绥东路副总兵曹文诏进兵山西阳城，追击王嘉胤，并于六月间用计杀害王嘉胤。王嘉胤部因此溃败，其右丞白玉柱投降，左丞紫金梁王自用率众出逃。曹文诏以功升任临洮总兵。九月，又命绥德州守备孙守法渡过黄河，在山西石楼县偷袭降而复叛的点灯子赵睉。点灯子猝不及防，被降丁贺思贤砍死。

洪承畴升任三边总督后，更是踌躇满志，与陕西巡按御史吴甡分别上疏请饷。在明思宗的催促之下，兵部尚书熊明遇答应立即筹措拨付20万两银子。此时，入侵京畿的后金军队已饱掠而去，入京勤王的陕西总兵王承恩、甘肃总兵杨嘉漠等部已先后返回陕西，可参与对农民军的征剿。手里有兵有饷，洪承畴便对留在陕西的农民军各部展开全面的出击。到崇祯五年(1632)冬，已将神一魁、不沾泥、可飞天、郝临庵、独行狼等几支势力较大的农民军基本镇压下去。

陕西农民军虽已被基本镇压，但山西的农民军越战越强。从崇祯三年(1630)二月起，在陕西起义的老回回、八金刚、王子顺、上天猴刘九思等部已渡过黄河，攻克蒲县，然后分两路南下。后来，明廷改主抚为主剿，调集大军交洪承畴指挥，加强镇压。从崇祯四年到六年，王嘉胤、八大王、闯将、曹操（指罗汝才）等部，也先后进入山西。山西大批破产农民，纷纷加入他们的队伍，或自发地举行起义。崇祯三年(1630)，一个山西乡绅曾感慨地说：“始之寇晋者，秦人也，今寇晋者，半晋人矣。二三月间，从贼者十之一，六七月而从贼者十之三，至今冬而从贼者十之五六矣。” 这些农民军，以王嘉胤部势力最大，王嘉胤在崇祯四年(1631)六月在阳城遇害后，其左丞紫金梁王自用率余众逃出，会合山西境内其他起义军，声势复振。这些起义军合共36营，其首领包括八大王张献忠、曹操罗汝才、闯将李自成、闯塌天刘国能、老回回马守应、蝎子块（姓张）、闯王高迎祥、点灯子赵胜、革里眼贺一龙等，共推紫金梁王自用为盟主，结成松散的联盟。后来，点灯子在石楼县惨遭杀害，但其他各部仍然发展很快。他们主要活动于晋南的平阳（今山西临汾），晋东南的泽州（今山西晋城）、潞安（今山西长治）和晋中的汾州（今山西汾阳）、太原、沁州（今山西沁县）三个地区。各支队伍分头活动，流动作战。山西巡抚许鼎臣、宣大总督张宗衡和崇祯三年(1630)接替病死的马士麟担任山西总兵的张应昌疲于奔命，穷于应付。崇祯五年(1632)八月，闯将李自成等部还从晋城南边攻入豫北，占领修武，兵锋直逼怀庆府城（今河南沁阳）。河南巡抚樊尚燝叫苦不迭，明廷急调昌平副总兵左良玉带兵前往堵截。

洪承畴见山西成为起义军活动的重心，决定精选官兵3500名，由临洮总兵曹文诏率领，入晋配合山西官兵进行征剿。崇祯六年(1633)正月，明思宗批准了他的请求，给曹文诏晋升一级，命其“节制秦、晋诸将” ，与山西总兵张应昌协谋征剿。

曹文诏率领陕西精锐官军入晋后，加紧对山西农民军的围追堵截。农民军采取避实就虚的策略，攻打官军防御薄弱的地区，并于崇祯六年正月越过太行山，向东进入畿辅，出现在顺德（今河北邢台）和真定（今河北正定）两府境内。为了阻止农民起义军进入畿南的平原地区，明廷急调通州兵、昌平兵，会同保定总兵梁甫部，配合大名兵备道卢象昇部夹剿。此后，明廷命左良玉专剿豫北农民军，考虑到他手下只有2000余名昌平兵，势孤力弱，又在崇祯六年三月命四川副总兵邓玘和石砫土司司马凤仪带兵赴援。到当年夏，因畿南、豫北农民军活动频繁，藩封于卫辉的潞王朱常淓上疏告急，劝皇上“早行剪剃，毋轻视贼” 。明思宗又令昌平副总兵汤九州率昌平兵，总兵倪宠、王朴率禁军京营兵，急赴豫北，加强对农民军的征剿。

随着官军不断向山西、豫北、畿南的聚集，这一带的战斗也益趋激烈。起初，农民军利用各地督抚互相推诿、以邻为壑的种种做法，发挥其流动作战的优势，避开敌人的重兵，在晋、冀、豫的接境地区不断转移，取得不少战果。但从总体上看，这里的农民军在数量上毕竟处于劣势，在官军的围追堵击之下力渐不支，吃了不少败仗。崇祯六年(1633)五月，农民军的盟主紫金梁王自用在济源的战斗中受伤后病死，其部众转归闯将李自成，却无人能接替他发挥协调各支农民军的作用。此后，各支农民军各自为伍，时分时合，处境更加困难。到当年冬天，十几万农民军已被挤压到黄河以北河南彰德、卫辉、怀庆三府的狭小地带，粮食的取给十分困难。集中到山西、河南、陕西三省交界地区参与围剿的官军总数达3万以上，农民军面临着被围歼的危险。

但是，明思宗此时的一个错误决策，为农民军的转危为安提供了契机。原先曹文诏由陕入晋，明思宗只授予其节制秦晋诸将之权，而无节制河南诸将的权力，更没有控驭山西、河南巡抚和宣大总督之大权，无法起到统一山西、豫北和畿南的军事指挥大权的作用。山西巡抚许鼎臣、宣大总督张宗衡与河南巡抚樊尚燝便各人自扫门前雪，不管他人瓦上霜，甚至以邻为壑，将自己境内的农民军驱赶到相邻的地区去。崇祯六年四月，农民军西路从辉县攻打清化镇（在今河南焦作南），游击越效忠战殁；东路与游击陶希谦战于武安，陶也败殁。兵部指责这是河南当局“不塞太行之险，揖贼使入” 的罪过，河南巡抚樊尚燝因此被撤职查办。其实，农民军之所以大量进入河南，是山西当局有意驱赶他们越过太行山，以邻为壑的结果。鉴于这种情况，河南乡绅于当月上书朝廷，建议由陕西三边总督提督山西、河南军务，以统一军事指挥大权。兵部同意这一主张，议决命洪承畴移驻潼关，节制陕、晋、豫三省军务，兼制晋、豫二省巡抚及曹文诏、邓玘、张应昌三总兵。明思宗考虑到陕西三边长城以北的形势也不乐观，不想分散洪承畴对三边重镇的注意力，更主要的是担心臣下的权力过于集中，不好驾驭，因此便在对兵部的批复中写道：“剿贼抚镇专责，别设总督，反滋诿卸，不如重两抚事权，副、总以上奏请，参、游以下军法从事，俾节制三大帅，而责以三月必殄贼，有不及期者罪之。” 从而否定了河南乡绅的建议和兵部的议决，而于五月间命太监陈大金、阎思印、谢文举、孙茂霖分别监视曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘之军。接着，派倪宠、王朴率京营出征，又命太监杨进朝、卢九德监军。这些太监根本不懂军事，他们口衔天宪，恃势凌人，指手画脚，于武臣多所掣肘，反而进一步分散了军事指挥大权。他们又贪婪成性，不仅肆意克扣军资，中饱私囊，而且谎报军功，冒功请赏，这又给了起义军以可乘之机。

退守黄河以北河南三府之地的农民军，为摆脱困境，决定用诈降的办法，从豫北渡过黄河南下。起义军仔细分析了当时面对的官军状况，觉得最能打仗的是曹文诏及其侄子曹变蛟，其次是左良玉、汤九州，而以王朴率领（总兵倪宠已于九月调往登、莱镇守），杨进朝、卢九德监视的京营兵数量最多，装备最为精良，但因有不少皇亲国戚在那里混差领饷，因此没有什么战斗力。而监军太监杨进朝、卢九德见到此前在张应昌军中监军的太监阎思印正在山西招降王刚所部500人，还招降别部300人，也急于招降一些起义军，以便向皇上报功请赏。于是这些农民军决计向京营总兵王朴诈降。在武安一带的张妙手（张文耀）、闯塌天（刘国能）、满天飞、邢红狼、闯将（李自成）等便以重金贿赂王朴的陕西籍家丁，请他们向王朴求情。杨进朝、卢九德觉得这是个立功的好机会，立即答应。十一月十七日，张妙手、闯塌天、满天飞、邢红狼、闯将等在武安拜会王朴，自称是“饥民头目”，说：“我等良民，陕西荒旱，致犯大罪，今誓归降，押还故土复业。”十九日，贺双全等11人又在张妙手陪同下，拜会王朴及杨进朝、卢九德，“环跪泣请，惟命生死” 。杨进朝、卢九德立即向皇上报功，说有61名“贼首”已受招抚，准备将他们遣还陕西老家。这些诈降的起义首领则在驻地从官军士卒和当地百姓手里购买裘、靴等衣物，并偷偷向黄河岸边移动，暗中进行渡河突围的准备。

十一月二十四日，这些诈降的农民军，到达山西垣曲（在今山西垣曲东南）与河南济源之间的关阳、长泉一带。这里是黄河水面最狭窄的一段，向来水流湍急，从不结冰。但这一天天气骤寒，竟然结冰如石。十几万大军乘官军不备，用门板铺在冰面上再撒上一层土，分三路驰马而过，抵达南岸的马蹄窝、野猪鼻。河南防河中军官袁大权仓促迎战，被农民军击毙。洪承畴、曹文诏的主剿政策宣告失败，明末农民战争进入了一个新阶段。