崇祯十年，活动于陕西的李自成、过天星等部，同官军在阶州（今属甘肃）、成县一带相持了七八个月之久。九月，农民军为躲避官军的追击，从秦州（今甘肃天水）地区出发，取道徽州（今甘肃徽县）、略阳，进军汉中。洪承畴急督官军由栈道星驰赴剿，在汉中府城之外击败李自成。李自成所骑马匹被射杀，便祼身涉水而逃脱。李自成汉中失利后，乃于十月南下四川，先后攻克川西38座州县城，进围省城成都。四川巡抚王维章及御史陈廷谟连疏乞援。明思宗下令将王维章革职，陈廷谟降三级“戴罪杀贼”，任命因小故而被夺官的蓟、辽、保定总督傅宗龙接替四川巡抚，并催促洪承畴火速统兵入川协剿。洪承畴急率固原总兵左光先，临洮总兵曹变蛟及副将马科、贺人龙、赵光远带着万名官兵入川，四川当局也调集了六七万官军加紧追击剿杀。李自成、过天星见官军云集四川，又于崇祯十一年(1638)正月返回了陕西。

李自成等部返回陕西后，分成几股进行活动，兵力分散，给了官军各个击破的机会。洪承畴与孙传庭分别对农民军加紧追击。五月，大天王、混天王部在合水被孙传庭击败，接受招抚。同月，过天星等部也在三水（今属陕西）等地被孙传庭击败，于六月投降。明思宗大喜，命加孙传庭部衔，但杨嗣昌因孙传庭当初反对他的“十面张网”之策，压着不办。李自成出川后，向西转移，三月间在河州、洮州连吃两个败仗，人员和马匹遭受很大损失，便进入西羌，拟在此处补充马匹。洪承畴紧追不舍，李自成又掉头东返，进入陕、川交界地区。然后同六队祁总管会合，共三千多人，进入四川。洪承畴带领总兵曹变蛟、王洪入川，并派陕西监军道樊一蘅督促副总兵马科、贺人龙部入川追击。八月初，李自成等在南江县境战败，北奔陕西城固县境，在渡汉水时又遭左光先的袭击，队伍只剩下一千四五百人，只得退入附近的山区。祁总管支持不住，投降了左光先。李自成势力更显单薄，只得躲进深山密林，向东转战于陕西、湖广、四川三省交界地区，尽量避免同大股官军正面交锋，其踪迹因此不甚为人所知。

崇祯十年(1637)初，张献忠、闯塌天、老回回、混十万马进忠、射塌天李万庆、过天星惠登相、革里眼贺一龙等十几支农民军仍在江北地区活动。四月，张献忠率部西走，活动于河南南部、湖广北部地区。其他农民军继续活动于江北，时分时合，时而东进，时而北走，后来也逐渐向西转移。为了加强对这十几支农民军的镇压，明廷于当年九月命太监刘元斌、卢九德统率12万名禁军赶赴江北。就在这个月，熊文灿也从广东北上，赴任五省总理之职，负责指挥诸将扑灭中原及江北的农民军。

熊文灿自知指挥作战非己所长，决定采用在福建招抚“海寇”郑芝龙的办法来招抚农民军。他在路过庐山时，特地去拜访好友空隐和尚。空隐问他：“公自度所将兵足制贼死命乎？”他答曰：“不能。”又问：“诸将有可属大事、当一面、不烦指挥而定者乎？”答曰：“未知何如也。”空隐和尚语气沉重地叹息道：“二者既不能当贼，上特以名使公，厚责望，一不效，诛矣。”熊文灿站立良久，曰：“抚之何如？”空隐和尚说：“吾料公必抚。然流寇非海寇比，公其慎之。” 熊文灿告别空隐和尚，前往安庆。初抵安庆，就派人遍贴招抚告示。十二月，又派曾卷入起义的生员卢鼎至闯塌天刘国能、八大王张献忠营中进行招抚，并广发招降文书。同时，令官军将百姓和粮食都搬入城中，让农民军无法得到接济。明思宗重新起用熊文灿，是为了让他实行杨嗣昌的“十面张网”围剿农民军之策，得知他的主抚举措不禁大怒，下旨切责。杨嗣昌主剿，对熊文灿的主抚举措也心以为非，但既然推荐他来做五省总理，且又已夸下三月平“贼”的海口，也只得听之任之，遇到有人对熊文灿的抚局表示异议，还站出来为之辩解几句。崇祯十一年(1638)正月，与王左挂作战失利，又担心被张献忠吞并的闯塌天刘国能，带着5000人马在湖广随州向熊文灿投降。他的部众大部分不愿投降，散归老回回马守应和革里眼贺一龙。此后，刘国能充当明廷的鹰犬，掉过头来帮助官兵剿杀农民军。

继刘国能之后，张献忠也接受招抚。崇祯十年(1637)八月，张献忠在南阳被左良玉击败负伤，转入湖广麻城、黄陂，同刘国能会合。十二月，当熊文灿派人招抚时，他表示接受，但尚犹豫不决，又转至承天（今湖北钟祥）、襄阳地区。崇祯十一年正月，他率部进占湖广谷城，赶走刘国能的士卒，张贴告示说：“本营志在匡乱，已逐闯兵（指闯塌天刘国能部）远遁。今欲解甲归朝，并不伤害百姓。” 同时，聚集当地乡绅耆老为其县结作保，请求朝廷同意招抚。张献忠派人携带大量财宝贿赂朝中权贵，并将一块一尺多长的碧玉和两颗径寸的珍珠献给熊文灿。熊文灿于是向朝廷建议招抚，并派监军道张大经代表他出席了张献忠在谷城举行的请降仪式。随后，张献忠将他的军队分屯于谷城城外15里的白沙洲，“造房数百间，买地种麦，与民间两平交易”，并在谷城每个城门派兵站岗，名义上说是“备他盗出入” ，实际上是监视地方官府的行动。熊文灿命张献忠精简部卒，发给两万人的军饷，其余遣散。张献忠说他手下的部卒都是壮士，愿举队跟从，如果拨给他10万人的军饷，可保郧阳、襄阳、荆州（治今湖北江陵）三府安宁无事。熊文灿信以为真，为之请衔开饷，拨给6个月军饷。熊文灿随即檄调其兵4000人去镇压其他农民军，张献忠却以刚刚受抚，“安集未定” 为借口，拒绝出兵。许多文武官员担心张献忠不是真心投降。杨嗣昌主张，张献忠应先杀李自成和马守应，才许招安，否则就将他杀掉。明思宗一改此前反对熊文灿主抚的态度，批驳说：“岂有他来投降，便说一味剿杀之理？”兵科都给事中姚思孝上言：“抚贼一事，亦难深信。”明思宗仍执意招抚，说：“造房种田，正是招抚好处，又要散遣往那里去？”

张献忠接受招抚后，拒不接受官府的改编和调遣，而是在谷城周围屯田耕作，造器练兵，以备来日再起，同刘国能的表现有着本质的区别。不过，他的受抚还是对其他起义军产生了严重的消极影响。当年十一月，罗汝才、过天星惠登相、小秦王白贵、整世王王国宁、托天王常国安、十反王杨友贤、关索王光恩、整十万黑云祥、混世王武世强等部接受招安，罗汝才同白贵、黑云祥驻屯于房县，其他诸部分驻于竹溪、保康等地，均与张献忠一样，不接受官府的改编与调遣，屯田造器，以备再起。至此，在河南、湖广地区活动的起义军，绝大部分受抚了，只有在安徽、湖广交界之处的老回回马守应、革里眼贺一龙、左金王贺锦、争世王刘希尧、乱世王蔺养成五支农民军即“革左五营”没有受抚，但势力单薄，只得退入英霍山区，活动也渐趋沉寂，明末农民战争，暂时转入了低潮。

崇祯十二年(1639)闯塌天等投降后，熊文灿扬扬自得地上奏：“臣兵威震慑，降者接踵。十三家之贼，惟革、左及马光玉（即老回回马守应）三部尚稽天诛，可岁月平也。” 明思宗喜出望外，优诏褒扬。