种种不祥的预兆，固然使明思宗心中不快，但作为一国之君，他又不得不面对严酷的危局，考虑应付的对策。正月初三日，他在德政殿召见其所信任的左允中李明睿，征询“御寇急策”。李明睿请屏退左右侍臣，趋近御案，小声地说：“（臣）自蒙召，道闻贼氛颇恶，今近逼畿甸，诚危急存亡之秋，可不长虑却顾！惟有南迁，可缓目前之急，徐图征剿之功。” 其实，明思宗心中早有此意。早在崇祯十六年四月，清兵第五次入塞侵略行将撤退之前，明思宗见各路官军不是胆怯不战，便是望风而逃，召见周延儒等大臣，表示要亲自出征，周延儒只得请求代替皇上前往前线督师。临出都门之前，明思宗就曾同他“议南迁，命无泄”。明思宗的兄嫂懿安皇后张氏，不知从什么渠道得知这个消息，找到明思宗的皇后周氏，表示坚决反对，说：“此周延儒误皇叔（明思宗）也。宗庙陵寝在此，迁安往？”周皇后将此话转告明思宗，明思宗大怒，“遣宦者往询索传语者，懿安坚讳，上坚请，迫欲自缢” ，此事只好不了了之。不过，明思宗还是在暗中做着南迁的准备。先是命给事中左懋第“往南中，察沿江舟师士马之数” 。继而在崇祯十六年(1643)十月，天津巡抚冯元飙“密陈南北机宜，谓道路将梗，当疏通海道，防患于未来”，为来日南迁做准备。明思宗即“俞之”，冯元飙“乃具海舟二百艘以备缓急” 。明思宗一听李明睿说到南迁，连忙阻止道：“此事重大，未可易言，亦未知天意若何？”李明睿说：“惟命不于常，善则得之，不善则失之，天命几危，人定则胜天，事势至此，讵可因循不决，至有噬脐之忧。皇上内断圣心，外度时势，不可一刻迟延，若筑室道旁，后悔何及。”明思宗见四顾无人，这才轻声细语地道出自己内心深处的真实想法，曰：“朕有此志久矣，无人赞襄，故迟至今。汝意与朕合，朕志决矣，诸臣不从奈何？尔且密之。”接着，明思宗又问起如果南迁，该怎么走，途中如何接应。李明睿对此早有考虑，回答说，不如四路设兵，东走山东，或西走河南，这是陆路；也可从登莱上船，或从通州走运河，这是水路。但皇上还是须走小路，轻车南行，20日可抵淮上，距离南京也就不远了。明思宗点头称是。李明睿见皇上同意他的意见，又请求皇上当机立断，说：“臣谋不敢泄，但求圣断。皇上但出门一步，龙腾虎跃，不旋踵而天下运之掌上。若兀坐北京，坚守危城，无益也。”

午间，明思宗命近侍在文昭阁宴请李明睿，然后又在内殿与之商议一些政事，包括军饷的筹措问题。李明睿指出：“兵饷缺乏，民穷财尽，惟发内帑，足济燃眉。”明思宗却说：“内帑如洗，一毫无措。”晚上在内殿召见李明睿，问：“所奏事，即欲行之，谁可接济？途间用何等官领兵措饷？驻扎何地？”李明睿答道：“济宁、淮安俱要地，不可不设官，须择重臣领兵，预为之防。”又问何等官衔，李明睿奏：“须户、兵二部堂上官。”又问：“此时兵在关门，大将俱在各边，调遣甚难，奈何？”李明睿答道：“近京八府尚可募。皇上此行，京师须人料理。关门兵不可尽撤，各边大将不可轻调，惟在公侯伯及阁部文武大臣，试其能才，推毂而遣之。”明思宗点头称是。李明睿又重申下午曾经谈及的拨发内帑的问题，说：“内帑不可不发，除皇上服御外，一毫俱是长物，当发出犒军。若于中途不足，区处甚难。留之大内，不过朽蠹。”明思宗说：“然，户部亦该措置。”李明睿回说：“今三空四尽，户部决难措手。皇上为宗庙社稷计，决而行之。” 这次密谈，直至深夜二更时分方告结束，明思宗深感满意。

将都城南迁，这在当时未尝不是一种可行的选择。当初明太祖创建明王朝，就把南京定为首都。后来，明成祖迁都北京，但南京仍然保留着陪都的政治地位，保存着一套形式上与北京相同的中央机构，只是任职的官员多为虚衔，握有实权的只有南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。此时长江中游驻扎着左良玉号称数十万的军队，下游又有江北四镇的重兵把守，南京比北京要安全得多。南京所在的江南地区，又是当时全国经济最发达、人口最密集的财赋之区，受到的战争破坏也比北方小得多。如果退守南方，即使丢了北方，也可划江而治，凭借南方充裕的人力、物力和财力与北方相抗衡，最后鹿死谁手尚难预料。但是，将政治中心南迁，涉及放弃宗庙陵寝的敏感问题，这就需要手握全国最高统治权的皇帝敢于做出决断，并将南迁的理由对臣民做出明确的说明。明思宗的为人刚愎自用，又优柔寡断，死要面子又缺乏担当，他想等大臣出面陈请再付之施行，结果便将此事暂时搁置。

李自成派先头部队渡河东征时，就决定兵分两路，对明王朝的政治中心北京采取南北两面包抄的钳形作战方略：北路为主力，由李自成和权将军刘宗敏率领，渡黄河入晋，占领平阳，攻取太原、宁武、大同、阳和（今山西阳高），再入冀攻占宣府、居庸关等战略要地，歼敌重兵，断绝京师的援兵，最后攻占北京；南路为偏师，由制将军刘芳亮统率，渡河后沿黄河北岸东进，进入畿辅南部，防止明思宗南逃，阻击南来援兵，而后北上，助攻北京。崇祯十七年(1644)正月初八日，李自成亲统大顺军主力从西安出发，开始了东征的进程。

正月初九日，兵部收到李自成亲率大军东征之前派人送来的通牒，“署文以大顺永昌年号，约战，三月十日至” 。明思宗得报，寝食难安，几天里粒米未进，忧愤交加，疲惫不堪。正月十一日上朝，当着阁部、九卿、科道等官叹道：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象，祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，将何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场亦所不顾，但死不瞑目！”说罢痛哭流涕，责问群臣道：“贼势如此，阃外（指统兵在外）无人承任，府库殚竭，将如之何？卿等无为朕分忧哉？”一听这话，内阁首辅陈演急忙表态，说愿代帝出征，明思宗说：“南人不可。” 意思是陈演是南方人，不熟悉北方的山川形势，无法承担此行。次辅魏藻德、蒋德璟、邱愉、范景文、方岳贡俱请往代，也皆不允。去年十一月与方岳贡一起入阁的曲沃人、大学士李建泰跪奏道：“主忧如此，臣敢不竭驽力？臣晋人，颇知贼中事，愿以家财佐军，可资万人数月之粮。臣请提兵西行。” 明思宗即破涕为笑，说：“卿以西人平西贼，朕愿也。” 并表示：“卿若行，朕当仿古推毂礼，亲饯之郊，不敢轻也。” 正月二十六日，举行特别隆重的遣将礼，赐予尚方剑、斗牛服，然后在正阳门城楼上大摆宴席，为李建泰饯行。饯行之后，李建泰率领三千京营禁军出宣武门，向涿州进发。

李建泰出京后，经涿州取道保定南下。行前，明思宗与左右大臣都认为，在大同、宣府一带有朝廷派驻的重兵，大顺军如想攻打京城，必定会避开朝廷重兵把守之处，故而“朝廷之忧，则在保定，不在宣大” 。但是，他们高估了自己的力量，也没有料到大顺军竟会实施南北两面包抄的作战方略，以致完全陷于被动的境地。

李建泰一出京城，立即感到举步维艰。他走到畿辅的一个县城，“县人漫视不为礼。李从者饥，求食。县人曰：‘汝官为大明乎？为大顺乎？’诡对曰：‘大顺。’乃为设食甚丰，饱餐而去” 。李建泰继续领着禁军前行，走到距京师200里的河北定兴县，地方官竟然拒绝这位大学士入城。他发兵攻打后才得以进入定兴城，将那个地方官狠揍了一顿；往南走到邯郸，听说大顺军左营刘芳亮正统兵沿着黄河北岸东进，“心怖，北向鼠窜，兵遂溃，所过恣意劫杀” 。走到广宗县，知县李弘基率领县民登城设守，拒绝他入城。李建泰又下令攻城，城破后乡绅王佐责问他：“阁部受命南征逆闯，赐尚方剑、斗牛服，推毂目送，圣眷至渥。今贼从西南来，正宜迎敌一战，灭此朝食，上报国恩。奈何望风披靡，避贼北遁，陷城焚劫耶？” 恼羞成怒的李建泰下令将他处斩，然后纵兵将官库民舍洗劫一空，继续北逃。后来，听说他的家乡曲沃被农民军占领，财产被没收，更是像泄了气的皮球，吓出一场大病，逗留畿南，不敢前进。

二月初九，明思宗得知李建泰家乡被大顺军攻占并逗留不前的消息，又给他送去一道亲笔敕谕：“今卿代朕亲征，鼓励忠勇，选拔雄杰。其骄怯逗玩之将，贪酷倡逃之吏，当以尚方剑从事。行间一切调度赏罚，俱不中制。卿宜临事而惧，好谋而成，真剿真抚，扫荡妖氛，旋师奏凯，勒铭鼎钟。” 但是，他万万没有想到，所谓“骄怯逗玩之将，贪酷倡逃之吏”不是别人，正是自己委以重任的督师大学士！李建泰根本没有将这道敕谕放在心上，继续徘徊观望。他手下的士卒仍然继续逃亡，最后只剩下几百名亲兵簇拥着饷银，跟随他逃到保定。二月下旬，刘芳亮统率的大顺军从南路攻到保定，李建泰派中军郭中杰投降。一场代帝亲征的闹剧，就这样草草收场了。

在大顺农民军的凌厉攻势下，晋豫官军的败报和求救奏疏，如雪片般传到京师。自孙传庭统率的陕西三边精锐覆灭之后，李建泰督师出征又带走三千京营禁军，明思宗手里已经没有多少兵力，除了驻守宁远的辽东总兵吴三桂部，已无兵可调。因此，在命李建泰督师出征之后，他在崇祯十七年(1644)正月十九日召对廷臣时，表示了想抽调吴三桂入关前往山西征剿农民军的意向，但又不愿承担决策的责任，要求大臣就此事进行讨论，发表意见。大臣当然知道，吴三桂的五千精兵内调，辽东就只剩下一些滥竽充数的官军，根本抵挡不住满洲八旗军的进攻，等于将山海关外的大片土地和辽民拱手送给了满洲贵族，谁也不愿出头来承担“弃地”的罪名，故意拖延不决。过了两天，明思宗又给陈演等阁臣发去一道谕旨，强调抽调辽东五千精兵随吴三桂助剿，关外“余兵尚多”，未尝不可支撑局面，并要他们就此事表态，并承担责任，说：“此等重大军机应行与否，原应先生每主持担任，未可推诿延缓误事。”但陈演等大臣回奏说：“第关宁迫切神京，所系尤重。三桂兵五千为奴（指满洲贵族）所畏，不独宁远恃之，关门亦恃之。……倘一旦调去，其余皆分守各城堡之兵，未必可用也。……此真安危大机，臣等促膝密商，意皆如此，实未敢轻议也。”兵部尚书张缙彦更将问题直接挑明：“三桂调不调，视宁远之弃不弃，两言而决耳。”明思宗见无人肯站出来承担责任，只好自己决策放弃宁远，说：“收守关（退守山海关）之效，成荡寇之功，虽属下策，诚亦不得已之思。” 他谕令陈演等阁臣代为拟旨施行，陈演为了推卸责任，再次召集大臣会议，通过之后，又与督、抚、镇进行协商，拖了一个多月，也未能将调吴三桂之议付诸施行。调吴三桂入晋助剿的计划，也告彻底流产。