京师戒严后，明思宗即于十一月初十命乾清宫太监王应朝监视行营。过了几天，又派太监冯元升等查核军队兵员和军饷，并命太监吕直携万金及盐、米、酒、羊等物品劳军。顺天府尹刘宗周上疏劝谏，说：“自古未有宦官典兵不误国者，不知危急败亡之日，舍天下士大夫，终不可与共安危。皇上亦以亲内臣之心亲外臣，以重武臣之心重文吏，则太平可致。” 明思宗就是不听。

十二月初一，明思宗又命司礼监太监沈良佐与内官监太监吕直提督京城九门与皇城的皇极门，并命司礼监太监李凤翔总督忠勇营，提督京城的卫戍部队京营，从而把京城和皇城的警卫直接控制在听命于自己的宦官手里。接着，下令在平台召见袁崇焕、满桂、黑云龙和祖大寿。他事先派人向袁崇焕传旨，让袁崇焕从速入宫议饷。当时袁崇焕正指挥副总兵张弘谟等率兵追击敌军，忙丢下军务赶往宫中。没想到一入宫，明思宗就问起诛杀毛文龙致敌兵犯阙及误伤满桂之事，袁崇焕摸不着头脑，一时答不上来。明思宗便命满桂脱去衣裳显示所受之伤，意思是此为袁崇焕蓄谋而为，随即令锦衣卫将他拿下，并关进锦衣卫诏狱。站在一旁的祖大寿大惊失色，战栗失措。大学士成基命请皇上慎重考虑，认为“敌在城下，非他时比” 。其他辅臣也极力劝阻，说：“临阵易将，兵家所忌。”明思宗不听，回答说：“势已至此，不得不然。”

第二天，明思宗下旨，将负责修筑城防工事的工部尚书张凤翔逮捕入狱，营缮司郎中许观吉、都水司郎中周长应、屯田司郎中朱长世各廷杖八十，许、周、朱三人年老体衰，皆毙于杖下。同时，提拔大同总兵满桂为总理，节制勤王入卫的各路兵马；马世龙、祖大寿分理辽军。

祖大寿率领将士随督师袁崇焕驰援京师以来，虽然几经血战疲惫不堪，但却不让入城休整。而且，许多市民因受谣言的蛊惑，误信是袁督师招致敌军入犯，迁怒于袁督师麾下的辽军。城墙的守御士卒，口口声声称辽将、辽军为奸细，故意从城墙上扔下砖头，砸伤辽兵。京营之将卒在八旗铁骑之前毫无作为，但屡屡出城砍死辽军的士卒。这种际遇，本来就使祖大寿愤愤不平。如今，见到自己的顶头上司袁督师被捕下狱，他不免要为自己和辖下的辽军士卒担忧。况且，他和袁督师都与满桂原本就存在矛盾，如今让自己接受满桂的节制，估计也不会有什么好果子吃。因此，他一离开平台，就与何可纲率领入援的1.5万辽军精锐于十二月初四日东行，毁山海关而出，拟撤还宁远。

祖大寿率辽军精锐东还，不能不引起朝廷的震动。兵部尚书梁廷栋立即奏报明思宗，说其属官职方司官员余大成有召还祖大寿的办法，可调他来询问。明思宗急调余大成，问他有何计策，他说：“寿非敢反朝廷也，特因崇焕而惧罪，欲召寿还，非得崇焕手书不可。”于是，便命阁部九卿与余大成来到狱中，经反复劝导，让袁崇焕写下劝祖大寿顾全大局的蜡书，交信使往追祖大寿。信使策马追赶，在锦州以东之地追上祖大寿。祖大寿见到袁崇焕的手书，泣不成声，一军尽哭，但仍犹豫不决，随军的80多岁的老母说：“所以致此，为失督师耳。今未死，尔何不立功为赎后，从主上乞督师命耶？” 将士听了无不踊跃，祖大寿之妻亦以大义相劝。祖大寿于是即日集合辖下的将士，返回山海关，收复永平、遵化一带。

皇太极得知明思宗中了反间计，将袁崇焕逮捕下狱，喜出望外，遂集中兵力攻略畿南一带，经良乡、固安，再转攻卢沟桥，副总兵申甫、监军金声以刚刚招募的七千新兵应战，被抄了后路，全部被歼。后金、蒙古军乘胜进抵永定门外。明思宗急忙下令设文武经略，以梁廷栋和满桂充任，各赐尚方剑，分别驻屯西直门与安定门。此时，满桂正屯驻宣武门瓮城之内，称敌强援寡，未可轻战，但明思宗派宦官催促出战。满桂不得已挥泪而出，于十七日率五千士卒在安定门外与敌军展开激战。由于寡不敌众，满桂箭伤复发，坠马而亡，副将孙祖寿与参将周旗等战死，总兵黑云龙、麻登云等被俘，投降了后金。满桂战死后，明思宗命原山海关总兵马世龙代为武经略。后金诸将纷纷要求攻城，皇太极说：“城中痴儿，取之若反掌耳。但其疆圉尚强，非旦夕可溃者，得之易，守之难，不若简兵练旅，以待天命可也。” 于是遣使送信给明思宗，要求议和，然后率兵东向，一路掳掠，返归沈阳。

明思宗当初下令逮捕袁崇焕，并没有将他置之死地的意思。听到祖大寿重返关内，收复永平、遵化一带的消息，脑中又闪现重新起用袁崇焕的念头。但是，阉党余孽却借机掀起一股攻击东林党、为钦定逆案翻案的浊浪，从而将袁崇焕逼上了死路。

明思宗钦定的逆案，并未将阉党分子一网打尽，袁崇焕被捕下狱，阉党余孽上蹿下跳，借机掀起钦定逆案以来的第一次翻案浪潮。他们纷纷上疏，诬陷、攻击内阁大学士钱龙锡、首辅韩爌和左都御史曹于汴等钦定逆案的主要负责人，迫使他们辞官归里。东林内阁的瓦解，使阉党余孽在朝中的势力迅速膨胀。继任首辅李标也因明思宗深疑廷臣结党营私而连续五次乞休而去，善于揣摩上意的周延儒被命为东阁大学士，参与机务。朝廷的气氛，因此更加恶浊了。

阉党余孽于是加紧对袁崇焕落井下石。崇祯三年(1630)八月初六，史又捏造事实诬劾已经辞职的钱龙锡“主张袁崇焕斩帅致兵，倡为款议以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过”，并胡说钱龙锡接受袁崇焕几万两银子的贿赂，存放在姻亲徐本高的家里。明思宗怒不可遏，即给袁崇焕定下“欺藐君父，失误封疆”的大罪名，限刑部五日内查明真相，拿出具体的处刑方案。八月十六日，经过所谓文武大臣的商议，明思宗宣布：“依律磔之。家属岁十六以上斩，十五以下给功臣家为奴。今特流其妻子兄弟，余不问。”

八月十六日，袁崇焕被绑赴西市刑场。临刑时，他口占一绝：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。” 但是，由于误信谣言，京城百姓却将袁崇焕当作招致后金入侵之罪人，在袁崇焕行刑当日，竟争先恐后地奔走刑场，生吃刽子手从袁崇焕身上磔割下来的肉，“割肉一块，京师百姓，从刽子手争取生啖之，刽子乱仆，百姓以钱争买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃，百姓群起抢之。得其一节者，和烧酒生啮，血流齿颊间，犹唾地骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽。止剩一首，传视九边” ，演出了一幕令人发指而又催人泪下的人间悲剧。

袁崇焕的被捕被杀，充分反映了明思宗轻信猜疑和刚愎自用的致命弱点。其结果是自毁长城，助长后金势力的壮大，正如清修《明史》所说的，“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣” 。