阉党兴起的大狱，以“六君子之狱”和“七君子之狱”最为惨烈。天启五年(1625)三月底，魏忠贤编造受贿的罪名，将东林党的重要骨干杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章逮入诏狱，严刑拷打，“究问追赃”。这六位东林党人誓死不屈，表现出高尚的气节。杨涟先被打得肋骨寸断，并用“土囊压身，铁钉贯耳” ，仍不屈服，最后被用铁钉钉入脑壳而亡。临终时，他犹写下血书，表达自己视死如归的傲然正气：“仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何怨于天，何憾于人……大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！” 左、袁、魏、周、顾五人，也都英勇不屈，惨死狱中。天启六年(1626)二月，魏忠贤又矫诏以“欺君蔑旨”的罪名，下令逮捕著名的东林党人周起元、周顺昌、周宗建、缪昌期、李应昇、高攀龙、黄尊素。三月十五日，锦衣卫官旗到苏州逮捕周顺昌，苏州全体市民罢市。十八日，锦衣卫官旂在县衙开读逮捕令，数十万市民集结衙门之外，最后冲进衙署，痛打锦衣卫的官旂。这就是明史上著名的“开读之变”。事变之时，周顺昌一直在场，独自吟诵于谦的诗句：“粉身碎骨浑不怕，要留清白在人间！”三月十七日，锦衣卫官旂前去无锡逮捕高攀龙的前一天，高攀龙在家中已经得到消息，但仍谈笑自若。第二天一大早，他先离家拜谒宋代大儒杨时的祠堂，再回家中的后园，和两个门生一起饮酒。周顺昌被捕的消息传来，他平静地笑道：“吾视死如归尔，今果然矣。”然后起身回房中与夫人说了一会儿话，出来后“作字二纸”，一为遗表，一为别友人书。当晚，他整好衣冠，自沉于后园池中。家人打开他的遗表，上面写道：“臣虽削夺（高攀龙原任左都御史，后被阉党削籍），旧为大臣。大臣受辱则辱国，故臣北面稽首，效屈平（屈原名平）之遗则。” 除高攀龙外，其他六位东林党人均惨死于诏狱之中。

除了“六君子”和“七君子”，其他许多东林党人和一些正直的清流派官员，也都惨遭阉党的迫害，或被杀，或自尽，或遭禁锢，或被放逐。据史载：“自（天启）四年十月，迄熹宗崩，毙诏狱者十余人，下狱、谪戍者数十人，削夺者三百余人，他革职贬黜者不可胜计。”

随着魏忠贤的倒台，人们自然想到那些遭受阉党迫害的东林党人和清流派官员，认为必须为之平反昭雪。崇祯元年(1628)正月初五日，翰林院编修倪元璐即上疏，说最近读到杨维垣的奏疏：“臣顷阅章奏见攻崔、魏者，必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔、魏？崔、魏既邪党矣，击忠贤、呈秀者又邪党乎哉！” 杨维垣上疏狡辩，说判断忠直不应以是否反对崔、魏为标准，况且东林党人也有许多不足之处。倪元璐再次上疏驳斥杨维垣，盛赞“东林自邹元标、王纪、高攀龙、杨涟外，如顾宪成、冯从吾、陈大绶、周顺昌、魏大中、周起元、周宗建等之真理学、真气节、真情操、真吏治，戍遣如赵南星之真骨力、真担当”，并说：“以崔、魏定邪正，譬之以镜别妍媸。总之，东林在今日，当曲原其高明之概，不当毛举其纤寸之瑕，而揭揭焉代逆珰分谤。” 当时魏忠贤、客氏及阉党的首恶分子尚未受到严惩，明思宗批示：“朕总览人才，一秉虚公，诸臣亦宜消融意见，不得互相诋訾。” 直到二十六日，明思宗下令将魏、客、崔三犯戮尸于市，并严惩“五虎”“五彪”，这才决心为遭受阉党迫害的官员平反昭雪。

崇祯元年(1628)二月，明思宗宣布废除杨涟等人在狱中被强加的、诬陷的罪名。接着，南京给事中陈尧言上疏，要求为遭受阉党削夺官职的官员平反，重新起用。吏部拟出一个包括内阁大学士刘一璟、韩爌，吏部尚书周嘉谟，礼部尚书孙慎行，左都御史曹于汴，通政使刘宗周，詹事钱谦益，翰林文震孟、陈子壮等人在内的90多人的名单，请求“先准复原官，致仕仍给与应得诰命，俟各衙门从公酌议妥确，分别起用”。明思宗批复：“废籍诸臣，沉沦已久。朕此番昭雪，非徒弘旷荡之恩，正欲考其进退始末，以衡人品。”要求吏部将这90多名官员的削逐情节“分别项款，细开具奏” 。到四月，他正式宣布恢复刘一璟、韩爌、周嘉谟等90多名官员的原有官职，到年龄应致仕者补给诰命，其中品望、年力可用者可酌情再度起用。

在给事中陈尧言上疏五天之后，工科给事中颜继祖上疏，请求为被阉党迫害致死的万燝、周起元、周顺昌、周宗建、李应昇、黄尊素、缪昌期、丁乾学赠荫，以示平反。明思宗下令部议。经部议后，明思宗于崇祯元年三月正式宣布，为原都察院左都御史邹元标、高攀龙，左副都御史杨涟，左佥都御史左光斗，工部尚书冯从吾，应天巡抚、右佥都御史周起元，给事中吴国华、魏大中，太仆寺少卿周朝瑞，御史吴裕中、周宗建、黄尊素、李应昇、夏之令、袁化中，吏部员外郎周顺昌，工部郎中万燝，吏部郎中苏继欧，左谕德缪昌期，翰林检讨丁乾学，陕西按察副使顾大章，扬州知府刘铎，刑部员外郎张汶等恢复名誉，各赠荫有差。九月，明思宗又下旨，为已故诸君子追赠官衔、谥号。这一系列平反昭雪的举措，大大打击了邪气，提升了正气。

明思宗还注意从魏忠贤的专权乱政中吸取教训，并采取相应措施，以防宦官专政的重演。天启七年(1627)十一月，他下令将魏忠贤贬谪凤阳为皇陵司香，并命查抄客、魏家产后，即下令撤回魏忠贤派驻各镇的内臣，谕曰：“矧宦官观兵，古来有戒。朕今于各处镇守内官尽行撤回，一切相度机宜，约束吏士，无事修备，有事却敌，俱听经、督便宜调度，无复委任不专，体统相轧，以藉其口。” 后来，又重申永乐时所制定的《自宫禁例》，禁止民间私自阉割入宫为宦。他告谕礼部：“朕览《会典》，自宫禁例一款：‘民间有四五子以上，许以一子报官阉割，有司造册送部院收补日选用，敢有私自净身者，本身及下手之人处斩，全家发烟瘴地面充军，两邻歇家不举者治罪。’我祖宗好生德意，真至周密，故立法严明。近来无知小民，希图财利，私行阉割，童稚不堪，多至殒命，违禁戕生，深可痛恨。自今以往，且不收选。尔部可宣布朕命，多列榜文，谕到之日为始，敢有犯者，按法正罪。” 崇祯元年(1628)正月，又规定所有宦官都须值班，除非有特殊的命令，一律不许走出宫门。二月，又戒谕外廷大臣，不许他们结交宦官。

明思宗受命于危难之际，即位后深思熟虑，采取静以待变的策略，先是不动声色地稳住魏忠贤，暗中则加紧策划，潜移默夺，步步为营，稳扎稳打，一待时机成熟，便一举加以铲除，显示出过人的眼光和智慧，受到广大臣民的赞誉。明思宗的日讲官文震孟之子文秉即称赞说：“烈皇昔由藩邸入继大统，毒雾迷空，荆棘满地，以孑身出入于刀锋剑芒之中，不动声色，巨奸立扫，真所谓聪明睿智，神武不杀者耶！”