这次议和谈判是秘密进行的，只有极少的几位重臣知道。谈判在沈阳秘密举行，在沈阳的朝鲜官员也只是风闻而无法得到确证。但是，世上没有不透风的墙，议和毕竟是一个极为敏感的问题，只要稍微显露出一点蛛丝马迹，就会引起人们的注意而迅速传播开来，从而引发众多的议论。马绍愉一行尚未从沈阳返回，有一天上朝之前，有个言官在朝房遇到辅臣谢陞，谈到当前局势，谢陞偷偷告诉他：“上意主和，诸君幸勿多言。” 这话很快传开，言官纷纷上疏弹劾谢陞妄言。明思宗只好将谢陞革职以平息舆论，议和风波也因缺乏实证而渐趋沉寂。不料，有一天陈新甲收到马绍愉禀报议和谈判的密疏，看过后顺手放到几案上，就匆匆入宫上朝视事，他的仆人打扫书房时以为是一份普通的塘报稿，随手交给塘官传抄，发表在官府的新闻公报邸报上，一时舆论哗然。给事中方士亮首先上疏，指责“陈新甲主和辱国”。明思宗非常恼火，将奏疏压下不发。但是，弹劾的奏疏仍如雪片似的飞来，舆论鼎沸。给事中廖国遴、杨枝起、光时亨、倪仁祯更“倡议必杀之” 。此时，一向刚愎自用的明思宗，不是果断地站出来承担责任，向臣民陈述议和的理由与东和西战的战略意图，求得大家的理解，而是屈于舆论的压力，“严旨切责新甲，令自陈” 。陈新甲自以为与清议和是按照皇上“可款则款”的指示进行的，和谈代表也是皇上钦命的，不仅不引罪，“反自诩其功”。他的自辩书细述与清议和的过程，多次援引明思宗的圣谕，暗示此举是奉皇上之命而行事，而非擅自行动。一向死要面子的明思宗更加恼怒，于七月二十九日下令将他逮入狱中。陈新甲在狱中上疏，请求皇上宽宥，未获准许，陈新甲这才感到大祸临头，急忙叫家人拿出其受贿积存的金银财宝，去贿赂主张“必杀”陈新甲的廖、杨、光、倪四位给事中。这四位给事中便去找刑部侍郎徐石麒，“言必不可杀”陈新甲。

徐石麒深知，在君主专制的时代，“君要臣死，臣不得不死”是条铁定的法则。徐石麒根本不顾廖国遴等人的游说，而是迎合明思宗的旨意，上疏历数陈新甲的罪状，认为非杀不可。他在奏疏中说：“俺答阑入，而丁汝蘷伏诛；沈惟敬盟败，而石星论死，国法柄如。如此纲纪陵夷，沦开（原）、陷沈（阳）、覆辽（阳）、覆广（宁），仅诛一二督抚以应故事，中枢率置不问。故陈新甲一则曰有例，再则曰有例者，此也……春秋之义，人臣无境外之交，战款二策，古来通用，然未有身在朝廷，不告君父而专擅便宜者，辱国启悔，莫此为甚。” 这个奏疏先举嘉靖年间俺答阑入，兵部尚书丁汝蘷不敢战，事后伏诛；万历年间的援朝战争，兵部尚书石星指使沈惟敬同意封贡，事败后被处以极刑，以此说明由于国法严明，故人不敢犯。接着再说此后纲纪陵夷，开原、沈阳陷落，辽阳、广宁倾覆，只诛杀一二督抚了结，兵部尚书却未曾受到惩处。陈新甲反复强调有例可循，循的就是纲纪陵夷之后的例。但是，这种例并不可循，因为这样做必然使纪纲更加陵夷而致不可收拾。然后奏疏再说到陈新甲“不告君父而专擅便宜”，径自与清进行议和，认为应以“专擅议款”罪处死。但是，徐石麒的这个马屁并没有拍到点子上，因为陈新甲与清议和是奉明思宗“可款则款”的指示行事的，所以明思宗在这个奏疏上批示：“陈新甲失事重大，法无可宽，但引律尚属未确，可另行复拟即奏。”徐石麒于是再上一疏，指责陈新甲“陷边城四，陷腹城七十二，陷亲藩七，此从来失事未有之奇祸，亦从来刑书所不忍载之条例者也。当临敌缺乏，不依期进兵策应，因而失误军机者斩” 。首辅周延儒和次辅陈演向明思宗求情，说：“国法、敌兵不薄城，不杀大司马（兵部尚书）。”明思宗铁了心要杀陈新甲，反驳道：“他且勿论，戮辱我亲藩七，不甚于薄城耶？” 九月二十二日，陈新甲被押赴西市斩首。

与清议和失败后，明思宗不得不放弃东和西战的战略意图，在调兵遣将镇压农民起义的同时，也设法加强对皇太极的防御。辽西四城陷落之后，明思宗下令在关内、关外并设两总督，关外总督加督师衔，地望尤为尊崇，又在昌平、保定设置二督，还在宁远、永平、顺天、密云、天津、保定六处设置巡抚，在宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天津、保定八处设置总兵，可谓星罗棋布，无地不防。宁远总兵吴三桂在松锦决战中逃跑，明思宗将他连降三级，命其继续驻守宁远，选将练兵，加强防御，阻止清兵向山海关逼近。吴三桂受命之后，收集松锦战败后的零散队伍，并抽调骨干训练辽民，很快又组织起一支拥有精兵4万、夷丁突骑数千的精锐部队，还有七八万经过训练、善耐搏战的辽民。吴三桂还不时巡视宁远中右所（在今辽宁绥中东北）、中后所（今辽宁绥中）、前屯卫（在今辽宁绥中西南）、中前所（在今山海关东北）等辽西四城，督促当地军民加固防御工事。宁远等城的军民逐渐走出松锦战败的阴影，重新振作起来，决心坚守阵地。

皇太极有言在先，“约九月不至则治兵”。但是，在崇祯十五年（崇德七年，1642）四月，汉官张存仁建议对吴三桂实行招抚，说：“今松锦既破，明督臣洪承畴就擒，镇臣祖大寿归降，凡明之将帅就（孰）不惶惧？惟总兵吴三桂尚在观望，宜颁御札于宁远城中，详示逆者必杀，顺者必生，有不动其心者乎？” 皇太极于是决定暂不出动大军，而向吴三桂发动招抚攻势。他“以敕谕明宁远总兵吴三桂、白广恩等。又令张存仁、祖可法、裴国珍、吴三凤、胡宏先等，各遗三桂书一函” ，对吴三桂进行招降，但吴三桂不为所动，继续效忠于明朝。

对吴三桂的招降失败后，皇太极决定诉诸武力，再次迂回入关袭扰明朝腹地。崇祯十五年（崇德七年，1642）十月，命贝勒阿贝泰和内大臣图尔格率满洲和蒙古八旗兵十几万人，乘松锦战胜之锐气大举征明。

当时，明廷在关内与关外千里之地设置四位总督、六位巡抚、八位总兵，防御兵力虽众，但指挥事权不一，难以形成合力。蓟辽总督张福臻尤其昏庸，给事中方士亮上疏弹劾之，因言“移督师关内，则蓟督可裁，福臻可罢” 。明思宗接受这个建议，召回张福臻，撤销蓟辽总督，令辽东总督范志完移驻关门，兼制关内。范志完深知其责任重大，再三推辞，明思宗不允；范志完要求辞职，也不批准，便上疏主张仍设蓟辽总督。逾月，明思宗始命赵光抃赴任蓟辽总督。就在诸将互相推诿之时，清兵于十一月初分兵两路，从墙子岭和青山口入犯，京师再度戒严。明思宗命勋臣分守九门，由宦官王承恩督察城守，并征调各镇兵入援。不久，两路清兵在蓟州会师，沿京郊南下。各路援军观望不战，从辽东入援的范志完更为胆怯，未敢一战。清兵如入无人之境，分趋真定、河间，再从河间东趋山东，攻克临清、兖州。鲁王朱寿镛被俘自杀。清兵分兵连下山东州县，直抵苏北的海州（今江苏连云港海州区）。赣榆、沐阳、丰、沛所在将吏，多望风而逃，或献金帛迎降。崇祯十六年（崇德八年，1643）四月初，清兵转道畿内，经宝坻，准备北返。四月初五日下午，明思宗在平台召见内阁辅臣，“辞色俱厉，云：‘朕欲亲征！’”周延儒赶紧跪下，说：“臣愿代皇上。”明思宗只是抬头仰视，大摇其头。次辅陈演和另一辅臣蒋德璟又相继跪地表示愿意代征，明思宗仍是大摇其头。周延儒再次跪请视师，明思宗这才冷笑道：“先生既果愿去，朕在宫中看过奇门（道家的一种占卜），正在此刻，一出朝门，即向东行，慎勿西转（周延儒的寓所在西城，意即不要回家，马上出发）。” 周延儒便以阁部督师的身份，与随征四臣方士亮、林拱宸、尹民兴、刘嘉绩及至京勤王的四镇总兵刘泽清、唐通、周遇吉、黄得功一起出发，赶赴通州。但是，到达通州后，周延儒整天就是和随征诸臣及四镇总兵宴饮娱乐，听任清兵从容退去。

清兵此次入边征战，历时8个月，攻克3府、18州、67县，计88座城镇，俘掠人口26.9万、牲畜32.1万头、黄金1.2万两、白银22.5万余两、珍珠444两、彩缎5.223万匹，给明朝的统治以沉重的打击，也给当地人民带来深重的灾难。

皇太极派兵入犯明朝腹地后，还在寻求打通宁远、山海关通道的良策。崇祯十六年（崇德八年，1643）正月，清兵尚在山东、苏北一带征战时，祖大寿就向皇太极献计：“以臣目击机会，先取山海关五城最为上策。明文武官之能否，城之虚实，兵之强弱，臣所洞悉。宜乘此时攻取中后所，收吴三桂家属，彼必为之心动。其余中右所、中前所、前屯卫，一鼓可平也。破山海关更易于破宁远，山海军士皆四方乌合之众，不谙阵战，绝其咽喉，撤其藩篱，海运不通，长城不守，彼京师难保，三桂安能固守宁远也。” 皇太极采纳他的部分建议，准备军事进攻与政治招抚并用，扫除入关的最后一道障碍。但未及取得进展，他就在当年八月病死于沈阳清宁宫。之后经过激烈的皇位之争，皇太极年仅6岁的第九子福临继位，改明年为顺治元年，由皇叔多尔衮和济尔哈朗辅政，称“摄政王”。多尔衮掌控实权，沿用皇太极的计策，武力进攻与政治招降并举，但吴三桂仍然拒降，继续坚守宁远。清兵虽一度击溃中左所、前屯卫、中前所的明军，但始终无法攻破吴三桂坚守的宁远，只得撤军。