通过这次召见，袁崇焕看到明思宗刻意营求中兴之治，急于平定辽东外患的焦虑，也感受到皇上对自己的器重和殷切期望之情，这一切无不令他深为感动，更激发了他赴汤蹈火、舍身为国的坚定决心。但他也希望皇上能从实际出发，给予自己一点回旋的余地，而不斤斤计较于一城一地之失。经过反复的思考，两天之后，他便以“钦差出镇行边督师”的身份，向明思宗呈递一份奏疏，接续平台召对时所担忧的言官舆论纷扰，边臣屡遭猜忌排挤的话题，巧妙地重申自己的平辽方略，曰：“辽事恢复之计，不外臣前以辽人守辽土，以辽土养辽人，以守为正着，战为奇着，欸为旁着。法在渐不在骤，在实不在虚，此皆臣与在边文武诸臣所能为而无烦圣虑者。至用人之人，与为人用之人，俱于皇上司其钥。何以任而勿二，信而勿疑？此皆非用人者与为人用者所得与。夫驭边臣者与他臣异，军中可惊可疑者殊多，故当论边臣成败之大局，不必过求于一言一行之微瑕。盖着着作实，为怨则多。凡有利于封疆者，俱不利于此身者也。况图敌之急，敌又从外而间之，是以为边臣者甚难。我皇上爱臣至而知臣深，臣何体过为不必然之惧，但衷有所危，不得不告。”此疏的深层含义实际上是重申他此前的以守为主，以征战与和议为辅的方略，准备到辽东打一场持久战，而不是五年复辽。但高度兴奋的明思宗并未听出其弦外之音，仍下旨表彰袁崇焕的“忠劳久著”，说“浮言朕自有鉴别，切勿瞻顾”，“战守机宜，悉听便宜从事” 。

崇祯元年(1628)八月初七日，袁崇焕单骑星驰出山海关，抵达宁远之后，即采取果断措施，迅速平息驻守宁远的川湖兵因欠饷而发动的兵变；之后，着手调整关内外的布防。过去全辽只设一名总兵，后来后金崛起，总兵更设不定。阉党崔呈秀掌管兵部大权后，为安插亲信，在山海关外添设了三四名总兵，事多掣肘。袁崇焕上奏朝廷，经明思宗批准后，在山海关内外各设总兵一名，将熟悉辽东战局的蓟镇总兵赵率教调任关内总兵，加官一级，挂平辽总兵印，驻守山海关城，行伍出身、惯历战阵的关内总兵麻登云调任蓟镇总兵。关外原设总兵两人，由朱梅驻守宁远，祖大寿驻守锦州，袁崇焕赴任后，朱梅因有病在身被解除职务，两地守军统归祖大寿管辖，加祖大寿都督同知衔，挂征辽前锋印，驻守锦州；中军副将何可纲加都督佥事衔，驻守辽远。袁崇焕向明思宗表示：“臣自期五年，专藉此三人，当与臣相终始。届期不效，臣手戮三人，而身归死于司败。” 接着，又“请罢宁远及登莱巡抚不设” ，以一事权，得到明思宗的批准。

继宁远兵变之后不久，又发生了锦州兵变。这两次兵变以及在辽东镇守多年见到的兵变，使袁崇焕深刻认识到，拖欠兵饷往往是激发兵变的直接诱因。为了稳定军心，巩固防务，他赴任督师不久，即接连两次上疏请求从速发放山海关内外积欠的军饷74万两，以及太仆寺马价银、抚赏银4万两。可能是考虑到当时国库空虚而内帑即皇家私库充盈的状况，在第二次上疏中还提出“求发内帑”的请求。 他的奏疏，引起兵部与言官的激烈争吵，兵部认为军饷之所以支绌，是由于“兵以年增，饷以岁溢” ，就是士兵太多而导致岁饷太浮，言官则认为军饷支绌，关键是由于“军籍空悬”，许多军官冒领空饷，要解决问题必须清汰虚冒的兵籍，“兵清自然饷足” 。明思宗召见大臣，商议解决方法。明思宗不肯动用内府积蓄，只管诘问新任户部尚书毕自严。毕自严敷衍说，容当陆续筹措拨付。最后几经商议，明思宗只得采纳内阁辅臣的建议，准发袁崇焕饷银30万两，还不及他请求拨付数额的四成。当初答应袁崇焕督师的条件之一———“户部转军饷”，就这样打了个大折扣！

在调整关内外防务的同时，袁崇焕还尽力修补已遭破坏的明蒙联盟，以图借助漠南蒙古的力量对抗后金。明朝末年，蒙古分为漠西卫拉特、漠北喀尔喀和漠南三大部分。与明朝近邻的漠南蒙古，在东北有蓟辽边外的喀喇沁、察哈尔、内喀尔喀和嫩江流域的科尔沁等部。当时漠南蒙古处于封建割据状态，察哈尔汗名义上是各部的宗主，士马强盛，横行漠南，诸部不堪其苦，但其内部又矛盾重重。各部因后金不断侵夺其牧场与抚赏之地而对之持敌视与抵抗的态度，对明朝则是既扰边又求抚赏，用扰边以求抚赏。孙承宗与袁崇焕出任辽东职务后，都加紧对漠南蒙古的抚赏，并争取与之结盟。从天启二年(1622)起，先后与喀喇沁、敖汉、察哈尔、内喀尔喀结盟，并尽力协调察哈尔林丹汗与各部的矛盾，共同帮助明朝抵御后金的进攻。对各部的扰边行动，则予以坚决的回击。但是，当袁崇焕受到排挤而离开辽东之后，漠南蒙古各部的形势很快就发生了变化，一些与明朝结盟的部落被林丹汗兼并。林丹汗由于担心各部依附后金，使自己处于腹背受敌之险境，也率部西迁至宣府、大同一带驻牧。目光短浅的明思宗，认为对漠南蒙古的抚赏徒耗金钱而无实际效益，于崇祯元年（天聪二年，1628）七月革除对蒙古诸部的抚赏与互市。皇太极则一改往昔努尔哈赤对蒙古各部以战为主的策略，采取孤立林丹汗，对其他各部偏于怀柔之策略，用联姻、盟誓、封赏等各种手段，拉拢漠南蒙古其他部落。这一招很快奏效，漠南蒙古大部分部落纷纷倒向后金。当年九月，皇太极即联合敖汉、奈曼、内喀尔喀、喀喇沁、科尔沁诸部，共同攻打察哈尔，大败林丹汗，占领了西拉木伦河流域。

袁崇焕督师辽东之后，已是“西部（指漠南蒙古）无存，东患（指后金之患）我独当之” ，局势极为严峻。但他仍坚持“合西虏而厚其与” 的政策，希望修补已被破坏的明蒙联盟。为此，他特地举荐曾长期担任过蓟辽总督的王象乾出任宣大总督。王象乾上任后，与袁崇焕都认为“西靖而东自宁” ，奏请明思宗改变做法，给予察哈尔林丹汗赏银8.1万两。明思宗批准，于崇祯二年(1629)重新实行对林丹汗的抚赏。察哈尔西迁至宣、大后，驻牧蓟门以北的是喀喇沁部，该部首领束不的早在袁崇焕督辽之前，即与皇太极有过交往，之后还互相联姻。崇祯元年(1628)十月，因塞外发生大饥荒，喀喇沁部向明朝请粟，许多边臣反对发粟救济。袁崇焕认为，只要稍加劝导并助其度过灾荒，便可促其脱离后金，坚持将自己本已十分紧张的粮食卖给喀喇沁。翌年三月，塞外又发生大饥荒，他仍应束不的之请，继续将粮食卖给喀喇沁部。

为了统一事权，袁崇焕还设计诛杀了毛文龙。毛文龙，祖籍山西太平（今山西襄汾西南），因父亲到钱塘（今浙江杭州）经商，他在那里出生，遂以出生地为籍贯。他少时家贫，厌读经书，好骑射，嗜围棋；后学麻衣相术，为人相命谋生；30岁时，听说辽东危急，只身入京，密走关外边塞，观察山川形势。在京担任兵部主事的舅舅沈光祚，将他推荐给自己的好友、辽东巡抚王化贞。天启元年(1621)，王化贞将他收入麾下，署练兵游击。时值沈阳失陷不久，辽东巡抚王化贞与辽东经略熊廷弼在战守方略上发生严重分歧。王化贞主张速战速决，反对熊廷弼的以守为战的三方布置之策，在三方兵力未集之时，授意毛文龙出来搅局，带兵袭取镇江堡。得手之后，王化贞即授他为副总兵，并向朝廷奏捷。第二年，该堡即被后金攻陷，他随即率部撤往鸭绿江口的皮岛。明廷对其采取优容的方针，给予大量封赏，并晋升他为总兵，后又升为左都督挂将军印。皮岛又称椴岛，明廷在此地设立东江镇，故又称东江。岛东西15里，南北10里，与鸭绿江口的獐子岛、鹿岛构成三足鼎立之势。它居于辽东、朝鲜、山东登莱三地之中，号称孔道，具有重要的战略地位。毛文龙在岛上“斩荆棘，具器用，招集流民，通行商贾，南货缯币，北货参貂，咸于文龙处输税挂号，然后敢发，不数年，遂称雄镇” 。他凭借手中的兵力，不时袭扰后金的后方，并不断夸大战功，向朝廷索要军饷，“岁百二十万，朝议多疑而厌之” 。袁崇焕赴任后，了解到毛文龙本无大志，与后金作战几无胜绩，而军饷却年年增加。他“无事则鬻参贩布为业，有事亦罕得其用” 。袁崇焕决定先从经济上加以控制，迫其就范。于是上疏请求改变运往皮岛的饷道，重申严海禁，规定登州不许有一船出海，所有运往皮岛的物资装备，一概由津门运至宁远外海的觉华岛（今菊花岛），经旅顺口转运皮岛，先前由天津所运送的粮饷，也改由觉华岛起运，并向督师衙门挂号，方可出海。毛文龙向明思宗上疏申诉，称袁督师封锁登州沿岸，不使一船出海，致使客船不敢前来，部下士兵都说：“是拦喉切我一刀，必定立死！” 但明思宗没有表态。袁崇焕见毛文龙不服节制，决心用计除之。崇祯二年(1629)五月底，他以检阅东江官兵为名，从宁远出发，乘船来到双岛，毛文龙从皮岛赶来拜谒，宴饮至深夜。此后，两人密谈三天，袁崇焕提出改革营制，设置监司，以监军纪与操练，毛文龙没有接受。六月初五日，袁崇焕邀请毛文龙上山观看战士的骑射操练，令埋伏在宫帐外的甲士将其绑缚，历数其十二大罪，以尚方剑斩之。接着，将毛文龙的部属48000人分成四协，由毛文龙之子毛承禄、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别统领，皮岛各项事务则由陈继盛暂时管领。袁崇焕返回宁远，向朝廷奏报诛杀毛文龙之举。明思宗大为吃惊，从此对袁崇焕产生了疑忌之心。不过，他看到毛文龙死而不能复生，自己又需要依靠袁崇焕来实现复辽计划，对袁崇焕不仅未加责备，反而“优旨褒答”，接着又宣布毛文龙之罪，“以安崇焕心” 。

袁崇焕诛杀毛文龙，是一件亲痛仇快的事情，因为毛文龙抗金虽然少有胜绩，且索饷过多，令人不快，但他始终坚持抗金立场，经常率兵深入后金腹地，对后金毕竟起着牵制的作用。毛文龙被杀，不仅使后金消除西进的后顾之忧，而且引起了皮岛将士的上下离心，毛文龙旧将孔有德、尚可喜等人后来都相继投降后金，导致东江抗金基地的丧失，这又为后金的西进提供了可乘之机。

②★★★★[清]庄廷：《明史钞略·刘铤传》，四部丛刊三编本。