附录F　本书中用到的扩展包

R正是因为有着大量开发人员的无私贡献才变得无所不能、强大异常。表F-1中列出了本书中介绍过的扩展包，以及有它们出现的各章的章号。 表F-1　本书中用到的扩展包

扩　展　包 作　　者 描　　述 章
AER Christian Kleiber和Achim Zeileis Christian Kleiber和Achim Zeileis撰写的Applied Econometrics with R一书中的函数、数据集、例子、演示和简介 13
Amelia James Honaker、Gary King和Matthew Blackwell Amelia II，一个通过多重插补处理缺失值的程序 15
arrayImpute Eun-kyung Lee、Dankyu Yoon和Taesung Park 用于处理微阵列数据中缺失值的包 15
arrayMissPattern Eun-kyung Lee和Taesung Park 微阵列数据中缺失模式的探索分析 15
boot S版最初是Angelo Canty开发的。R版是Brian Ripley开发的 bootstrap函数 12
ca Michael Greenacre和Oleg Nenadic 简单、多元、联合对应分析 7
car John Fox和Sanford Weisberg 应用回归分析配套材料 1、8、9、10、11
cat Ted Harding和Fernando Tusell将其移植到R。最初由Joseph L. Schafer开发 带缺失值的类别型变量数据集分析 15
coin Torsten Hothorn、Kurt Hornik、Mark A. van de Wiel和Achim Zeileis 置换检验框架中的条件推断函数 12
corrgram Kevin Wright 绘制相关图 11
corrperm Douglas M. Potter 带重复测量的相关性置换检验 12
doBy Sφren Hφjsgaard开发，Kevin Wright和Alessandro A. Leidi也作出了贡献 分组计算摘要统计量、广义线性对比及其他工具 7
effects John Fox和Jangman Hong 线性、广义线性、multinomial-logit以及proportional-odds logit模型的效果显示 8、9
FactoMineR Francois Husson、Julie Josse、Sebastien Le和Jeremy Mazet R中的多元探索分析和数据挖掘 14
FAiR Ben Goodrich 用遗传算法进行因子分析 14
fCalendar Diethelm Wuertz和Yohan Chalabi 时序对象（chronological object）和日历对象的相关函数 4
foreign R核心成员和Saikat DebRoy、Roger Bivand等人 读取Minitab、S、SAS、SPSS、Stata、Systat、dBase等其他软件存储的数据 2
gclus Catherine Hurley 聚类图形 1、11
ggplot2 Hadley Wickam 图形语法的实现 16
glmPerm Wiebke Werft和Douglas M. Potter 广义线性模型中用于推断的置换检验 12
gmodels Gregory R. Warnes。包含Ben Bolker、Thomas Lumley和Randall C Johnson贡献的R源代码和文档。其中Randall C. Johnson的贡献属SAIC-Frederick公司版权所有（2005） 各种用于模型拟合的R编程工具 7
gplots Gregory R. Warnes。包含Ben Bolker、Lodewijk Bonebakker、Robert Gentleman、Wolfgang Huber Andy Liaw、Thomas Lumley、Martin Maechler、Arni Magnusson、Steffen Moeller、Marc Schwartz和Bill Venables贡献的R代码和文档 各种绘制图形的R编程工具 6、9
grid Paul Murrell 重写了图形布局功能，还提供了交互功能 16
gvlma Edsel A. Pena和Elizabeth H. Slate 线性模型假设的全局检验 8
hdf5 Marcus G. Daniels NCSA HDF5库的接口 2
hexbin Dan Carr开发，由Nicholas Lewin- Koh和Martin Maechler移植 绘制六边形箱图的函数 11
HH Richard M. Heiberger Heiberger和Holland的Statistical Analysis and Data Display一书的配套软件 9
Hmisc Frank E Harrell Jr ，以及很多其他用户的贡献 Harrrell的各种用于数据分析、高级绘图、实用操作的函数 2、3、7
kmi Arthur Allignol 竞争风险中用于累积发生函数分析的Kaplan-Meier多元插补（imputation） 15
lattice Deepayan Sarkar Lattice图形 16
latticist Felix Andrews 用于探索性可视化的图形界面 16
lavaan Yves Rosseel 潜变量模型的相关函数，包括验证性因子分析、结构方程建模和潜增长曲线模型等 14
lcda Michael Buecker 潜分类判别分析 14
leaps Thomas Lumley，用到了Alan Miller的Fortran代码 回归子集选择，包括穷举搜索 8
lmPerm Bob Wheeler 线性模型的置换检验 12
logregperm Douglas M. Potter 逻辑回归中推断的置换检验 12
longitudinalData Christophe Genolini 用于纵向数据分析的工具 15
lsa Fridolin Wild 潜语义分析 14
ltm Dimitris Rizopoulos 项目反应理论（item response theory）中的潜在特质模型（Latent trait model） 14
lubridate Garrett Grolemund和Hadley Wickham 用于识别和解析日期、时间数据的函数，可以抽取和修改日期和时间，对日期和时间做精确的运算，还可以处理时区和夏时制（Daylight Savings Time） 4
MASS 最初S语言的版本由Venables和Ripley开发，由Brian Ripley在Kurt Hornik和Albrecht Gebhardt的工作基础之上将其移植到R Venables和Ripley撰写的Modern Applied Statistics with S第四版的配套函数和数据集 4、5、7、8、9、12
mlogit Yves Croissant 估计多项logit模型（multinomial logit model） 13
multcomp Torsten Hothorn、Frank Bretz Peter Westfall、Richard M. Heiberger、 和Andre Schuetzenmeister 参数模型中的常见线性假设的同时检验和置信区间计算，包括线性、广义线性、线性混合效应和生存模型 9、12
mvnmle Kevin Gross，Douglas Bates提供了帮助 带缺失值的多元正态数据的ML估计 15
mvoutlier Moritz Gschwandtner和Peter Filzmoser 基于稳健方法的多元异常值检测 9
Ncdf、ncdf4 David Pierce Unidata netCDF数据文件的接口 2
nFactors Gilles Raiche Cattell碎石检验的并行分析和非图形解决方案 14
npmc Joerg Helms和Ullrich Munzel 非参数多重比较 7
OpenMx Steven Boker、Michael Neale、Hermine Maes、Michael Wilde、Michael Spiegel、Timothy R. Brick、Jeffrey Spies、Ryne Estabrook、Sarah Kenny、Timothy Bates、Paras Mehta和John Fox 高级结构方程建模 14
pastecs Frederic Ibanez、Philippe Grosjean和Michele Etienne 用于时空生态数据分析的包 7
piface Russell Lenth开发，R包接口由Tobias Verbeke开发 用于统计效力和样本大小评估的Java小程序 10
playwith Felix Andrews 用于编辑R图形，以及与之互动的GTK+图形用户界面 16
poLCA Drew Linzer和Jeffrey Lewis 多分类变量的潜类别分析 14
psych William Revelle 用于心理、心理测评和个性研究的函数 7、14
pwr Stephane Champely 功效分析的基本函数 10
qcc Luca Scrucca 质量控制图形 13
randomLCA Ken Beath 随机效应潜类别分析 14
Rcmdr John Fox开发，Liviu Andronic、Michael Ash、Theophilius Boye、Stefano Calza、Andy Chang、Philippe Grosjean、Richard Heiberger、G. Jay Kerns、Renaud Lancelot、Matthieu Lesnoff、Uwe Ligges、Samir Messad、Martin Maechler、Robert Muenchen、Duncan Murdoch、Erich Neuwirth、Dan Putler、Brian Ripley、Miroslav Ristic和Peter Wolf也作出了贡献 R Commander是一个基于tcltk包的R跨平台图形用户界面，可以实现基本的统计学分析 11
reshape Hadley Wickham 灵活地改变数据形式 4、5、7
rggobi Duncan Temple Lang、Debby Swayne、Hadley Wickham和Michael Lawrence R和GGobi之间的接口 16
rgl Daniel Adler和Duncan Murdoch 3D可视化设备系统（OpenGL） 11
RJDBC Simon Urbanek 实现了通过JDBC接口访问数据库的功能 2
rms Frank E. Harrell, Jr. 回归建模，包含用于简化或帮助简化回归建模、检验、估计、验证、画图、预测和排版的约255个函数 13
robust Jiahui Wang、Ruben Zamar、Alfio Marazzi、Victor Yohai、Matias Salibian-Barrera、Ricardo Maronna、Eric Zivot、David Rocke、Doug Martin、Martin Maechler和Kjell Konis 稳健方法的包 13
RODBC Brian Ripley和Michael Lapsley ODBC数据库访问接口 2
ROracle David A. James和Jake Luciani R的Oracle数据库接口 2
rrcov Valentin Todorov 位置和散点的稳健估计（robust location and scatter estimation），以及带高失效点（high breakdown point）的稳健多元分析 9
sampling Yves Tillé和Alina Matei 用于绘制和校正样本的函数 4
scatterplot3d Uwe Ligges 绘制三维散点云 11
sem John Fox开发，Adam Kramer和Michael Friendly也作出了贡献 结构方程模型 14
SeqKnn Ki-Yeol Kim和Gwan-Su Yi，CSBio实验室，信息和通信大学（Information and Communications University） 序列化KNN插补方法 15
sm Adrian Bowman和Adelchi Azzalini开发。2.0版本之前都是由B. D. Ripley移植到R，2.1版是由Adrian Bowman和Adelchi Azzalini移植的，版本2.2是由Adrian Bowman移植的 用于非参回归和密度估计的平滑方法 6、9
vcd David Meyer、Achim Zeileis和Kurt Hornik 用于类别数据可视化的函数 1、6、7、11、12
vegan Jari Oksanen、F. Guillaume Blanchet、Roeland Kindt、Pierre Legendre、R. B. O'Hara、Gavin L. Simpson、Peter Solymos、M. Henry H. Stevens和Helene Wagner 种群和植物生态学家所使用的排序方法（ordination method）、多样性分析（diversity analysis）等函数 9
VIM Matthias Templ、Andreas Alfons和Alexander Kowarik 缺失值插补和可视化 15
xlsx Adrian A. Dragulescu 读写和格式化Excel 2007（xlsx）文件 2
XML Duncan Temple Lang R和S-Plus中用于解析和生成XML的工具 2