罗马帝国在 476 年的崩溃，宣告了一个理智的黑暗时期的到来。摧毁罗马政治权力的野蛮人也捣毁了西欧的文化制度。学术研究陷于停滞，因为实际上整个古代文献都流失了。在接下来的五六个世纪里，哲学得以维系是靠着基督教的学者们，他们成了古希腊著作传到西方的渠道。早期三个有影响的思想家是波爱修斯、伪狄奥尼修斯和约翰·司各脱·爱留根纳。

9 世纪，神圣罗马帝国的查理大帝雄心勃勃地打算复兴古典学术。而且随着爱留根纳的系统性巨著《自然的区分》( The Division of Nature )的问世我们本可以期望哲学在这个思想压抑的时期产生出来，而且重新在整个西欧繁荣光大起来。然而这个早先曾经出现过的持续复兴的前景，由于几个历史事件的发生而没能及时变成现实。在查理大帝死后，帝国也就分裂为几个封建邦国。罗马教皇的统治进入了一个道德上和精神上的衰弱时期。而且僧侣们在他们专有的教育和学术领域里没能进行有效的领导。而蒙古人、撒拉逊人以及斯堪的纳维亚人的入侵加大了这种阻碍力量，促成了文化的黑暗。在几乎 100 年的时间里，也就是 10 世纪的大多数时间里，几乎没有进行什么哲学活动。然而哲学确实在下一个实际复兴起来，而且从 1000 到 1200 年它集中讨论了共相、上帝存在之证明、信仰和理性的关系等问题，在对这些问题进行讨论的过程中，哲学的几个源头都被发掘出来，希腊的、基督教的、犹太的和穆斯林的思想被结合到了一起。